在革命战争时期，甘祖昌将军曾多次负伤，其中3次重伤。建国后，1952年春，时任新疆军区后勤部部长的甘祖昌到郊区检查工作，由于回程时，木桥被敌特破坏，甘祖昌乘坐的车子翻到十米多深的河里，他身负重伤。经过一个多月的精心治疗，他外伤痊愈，却留下了严重的脑震荡后遗症。
1953年以后，甘祖昌的脑震荡后遗症经常发病，治疗和修养也不见好转。从1955年开始，他每年都向组织打报告，要求批准回乡务农，说：“我自1952年跌伤后，患了严重的脑震荡后遗症，不能再做领导工作了。但是我的手脚还是好的，请求组织上批准我回江西农村去，去为建设社会主义农村贡献力量。”但他的申请没被组织批准。1957年8月，总政治部副主任萧华到新疆检查工作，甘祖昌再次当面向同是江西籍的老乡萧华提出要求和申请，组织上终于批准了他的回乡请求。